根據巴勒斯坦和以色列達成的關于巴勒斯坦自治協議，巴民族權力機構是一階段性、過渡性的自治機構，主要負責管理巴自治區內除外交、安全以外的所有民事。

    1993年9月，巴勒斯坦解放組織與以色列在華盛頓簽署了巴勒斯坦自治《原則宣言》，允許巴勒斯坦人先行在加沙－杰里科地區實行自治，巴最終地位的談判在1999年5月4日前解決。1994年5月4日，巴解組織執委會主席阿拉法特和以色列總理拉賓在埃及首都開羅正式簽署關于實施加沙—杰里科自治原則宣言的最后協議。同年5月12日，以阿拉法特為主席的巴勒斯坦自治領導機構成立，并首先在加沙和杰里科實行自治，隨后自治范圍擴大到約旦河西岸。

    1994年5月26日，巴自治領導機構在突尼斯舉行首次會議。會上通過了關于加沙和杰里科自治區臨時自治時期的政治綱領，重申了建立一個以耶路撒冷為首都的巴勒斯坦國的目標。7月11日，阿拉法特結束了27年的流亡生活返回加沙定居后，巴勒斯坦自治領導機構從突尼斯遷往加沙和杰里科。

    1996年1月20日，根據巴以關于擴大巴勒斯坦在約旦河西岸自治協議的安排，巴勒斯坦舉行歷史上首次大選，選舉巴勒斯坦民族權力機構（自治政府）主席和巴勒斯坦立法委員會。阿拉法特當選為民族權力機構（自治政府）主席。2月12日，阿拉法特正式宣誓就職。5月9日，阿拉法特組成自治政府內閣。

    2001年12月初，由于巴一些激進組織制造了一系列針對以色列目標的襲擊事件，以色列把巴民族權力機構定為“支持恐怖活動的實體”，并決定斷絕同阿拉法特的聯系，巴民族權力機構處境十分艱難。為了推動巴以和談，去年3月，巴民族權力機構進行改革，設立了總理職位，阿巴斯當選為首任總理。現任總理為庫賴。

    目前，巴民族權力機構已經在加沙地帶60％和約旦河西岸42．9％的土地上實行完全自治，巴控制的實際面積約2500平方公里。