新疆駐京辦事處的歷史最早可追溯到清朝光緒年間（1879年），哈密王府在北京建造了哈密會館，其位置在宣武門內太平湖石駙馬胡同，共前后兩進院子，占地面積約十畝地。哈密館建成之后，除哈密王室成員赴京覲見時下榻之外，也為從新疆來北京的王公貴族、商人提供就宿，從特定意義上成為當時的新疆政府駐北京辦事機構。新中國成立之后，北京的哈密會館接管歸中央民族事務委員會管理，在解放初期起到過新疆駐京辦事處的作用。但是由于地方狹小，適應不了新疆的發展需要，1955年經國家批準在北京市海淀區二里溝劃撥48畝地，建設成立了“新疆維吾爾自治區人民委員會駐北京辦事處”，這是全國各省市自治區最早在首都成立的辦事機構之一。

      “文革”期間，鑒于當時的混亂狀況，國務院于1966年12月向各省、市、自治區發出電報，決定撤銷駐京辦事處，新疆駐北京辦事處于1967年3月正式摘牌宣布撤銷。“四人幫”被打倒后，舉國歡騰，祖國又迎來了新的春天。1978年4月自治區黨委任命林彬（楊勇司令員妻子）同志為首的新疆辦事處籌建領導班子，其任務是“將原來新疆駐京辦事處原址接受過來，然后組建辦事處”。同年8月新疆維吾爾自治區革命委員會向國務院辦公室、國家民族事務委員會呈報《關于設立新疆維吾爾自治區革命委員會駐北京辦事處的報告》，得到批準，在改革開放的大好形勢下，開始了新疆駐北京辦事處的恢復工作。

      建筑面積36633平方米的一號樓，是1956年投資建成的一個L型坐西朝東的三層建筑。黃色的小樓點綴著伊斯蘭建筑特有的尖拱窗，頂部和周圍墻面配有新疆民間建筑紋飾圖案，其建筑風格體現了濃郁的新疆民族特色風格，成為京城里一道亮麗的景觀，現在它已被列為北京市有特色建筑物之一。1978年經過李先念副主席，烏蘭夫副委員長和王震、谷牧等黨和國家領導人的批示確定將原新疆駐北京辦事處的院落和房產交還給新疆，1978年10月自治區與國管局正式進行了交接手續，接管后，新疆駐北京辦事處掛牌正式恢復辦公，當時只有辦公室、接待科、行政科等三個科室和幾十張普通床位的招待所，領導干部和員工還不到四十幾個人。隨著改革開放的深入和有中國特色社會主義的建設，新疆駐北京辦事處不斷發展，現在已成為下設有辦公室、信息聯絡處、接待處、財務處、信訪勸返辦公室和工會等職能部門，有招待所、后勤服務中心、北戴河干部休養所等事業管理部門和對外經營管理的新疆飯店、新疆大廈等高級酒店的廳局級派出駐京機構。

      改革開放以來，辦事處在提供決策和政務聯絡，接待自治區領導和各族干部群眾，處理解決社會事務和維護首都社會穩定等工作方面發揮了重大作用。同時，協助各地、州、市和有關部門在北京做了大量的招商引資、對外宣傳、聯系業務的工作，充分發揮了辦事處的“窗口”和“橋梁”作用。辦事處經常代表自治區出席或參加國家有關部門的會議；經常承辦自治區在北京舉辦的活動；代表新疆接受國內外慈善機構、紅十字會和國外駐華使館、商社團體捐贈的資金和物品；代表新疆人民政府和有關部門在京處理與新疆有關的問題。多年來，辦事處向自治區發送有關宏觀經濟、市場調控、社會動態、理論前沿等各種信息，不僅為自治區黨政領導決策提供了重要的參考資料，而且為自治區的經濟建設提供了有價值的資料。辦事處與國家各部、委，外國駐華使館和商社團體等機構廣泛開展聯絡，為新疆有關部門地區牽線搭橋、招商引資，多年來，據不完全統計，直接聯系或間接參與促成的對內對外合作的較大項目有幾十項。

      辦事處多次承接全國黨代會和全國人民代表大會等國家高級會議，接待“兩會”的議案組、民族語言文字翻譯組等重要的工作組；接待第十一屆亞運會觀摩團、第五屆世界婦女代表大會代表團等大型團體，受到有關領導和組織委員會的表揚。

      新疆獨特的自然資源和人文景觀一直為世人矚目，新疆駐京辦事處每年接待大量的國內外各界人士，向他們宣傳新疆的經濟和社會發展的形勢，介紹新疆的投資環境和投資項目，幫助聯系有關的業務，成為人們了解新疆、關注新疆的重要“窗口”。新疆濃郁的民族文化，獨特的旅游景點和豐富的資源項目，通過這個“窗口”為世人所了解，國內外的先進技術、先進管理和先進理念通過新疆駐京辦傳送到自治區，成為現代溝通新疆與國內外的“橋梁”。