新疆的回族，歷史悠久。因地處絲綢之路孔道，回族先民自唐宋以來，便途經新疆至中原地區經商，其中有不少人定居新疆，是為新疆回族最早的遷居者。元明兩代，回回人至西（西亞、中亞）從東（中原地區）遷入，在此屯田、經商、衛戌。至此真正開始了新疆回族的歷史，自清一代，因天災人禍，經商謀生等原因，不少東部省份回族長途跋涉來到新疆，使新疆回族人口大幅度上升，最終成為新疆歷史上一只龐大的社會力量。 

     十三世紀初葉，由于成吉思汗西征而隨軍東遷的波斯人、阿拉伯人和西中亞各族人，這些人大部分被遍為“探馬赤軍”。據《元史》卷17《世祖本紀》記載：至元年間（十三世紀下葉），新疆滕竭爾便有屯田回回3000戶。滕竭爾，是指勝納合爾或特納格爾，即今昌吉回族自治州阜康縣，這里一直是重要的回回墾區。清雍正、乾隆兩朝，開始在全國范圍內推行歧視和壓迫回族的政策。乾隆三十六年，清政府以“屯墾實邊”為名，將陜甘回民集體遷徙新疆。據當時戶口統計，甘肅一地遷居迪化（今烏魯木齊市）便有2萬人以上，在大坂城居住的就有500戶。通過大規模屯墾戌邊，到19世紀60年代，回族已在新疆，尤其是北疆地區居民中占相當比重。當時整個整個的縣城，如瑪納斯縣，居民一色是回族人，就連當時作為大行政中心的烏魯木齊城里，回族人也漢族人、滿族人多，而在伊犁河谷更多。 

     “回回善營利”，“回回商人遍天下”是回族經濟一顯著特點。永樂正統年間（公元1403—1435年）從中西亞地區地區來此經商的穆斯林，他們定居下來，成為哈密最早的回族先民。永樂十八年（公元1420年），哈密回回已有了清真寺，愛米爾.法哈魯丁為教長。隨著乾隆年間開始向新疆的移民，來自陜甘兩省的回民很快即在北疆的移民中占了絕大部分。他們中的許多人還沖破清政府的禁令，遷往南疆，在那里開飯館和販茶為生。道光年間，在葉爾羌就有一個由回民商人組成的團體。當時新疆的客店、飯館也大多掌握在回族人手里。 

     陜甘回民起義后，大批回民退至新疆。清政府采取“分而治之”的政策，在新疆大量安置了失敗的起義者。后白彥虎帶部分人馬去了沙俄，但他們的許多后裔又回到了新疆，和當時未離開新疆的回族群眾定居于伊犁、焉耆等地區。清政府還對陜甘起義回民實行遷徙政策，陜甘大批回民被迫遷居新疆。光緒二十三年（公元1897）年，青海湟中縣回民起義，義軍戰敗后被安置在羅布卓爾的便有6000余人。 

     回族衛戌新疆的歷史早在元至元年間，就有大批回回人衛戌在南疆和田一帶。在今昌吉回族自治州也有回回軍士戌守。清代，更有大批回族兵士在新疆墾田戌守。平定張格爾叛亂后，清將屯田區擴展至南疆阿克蘇、庫車、和田以及喀什噶爾，這一帶回族均以駐防為主。咸同年間回民起義時，葉爾羌駐軍半數以上為回族。據阿古柏偽政府時俄國使團的調查，當時僅南疆西部回族士兵已達15000余人。 

     左宗棠進軍新疆時，帶來了由被招撫的陜甘回民起義軍組成的部隊——“旌善五旗”。當時阿古柏被平定后，這支部隊被遣散留新屯田。這種伴隨著軍事活動的大遷移，延續到1934年馬仲英率上萬官兵入新和解放前夕馬呈祥騎五軍駐防新疆。隨著軍事活動的終止，這兩支部隊的回族官兵大都定居新疆。 

     由于連續多年的甘青寧地區教派的爭斗，使許多回族遷居新疆。此外由自然災害所迫，背井離鄉，逃荒到新疆謀生的回族也不在少數。如1928年，甘肅固原發生大地震，許多回族家破人亡，只好“走西口”。而今米泉羊毛乙一帶的回族就大多是從青海南豐羊毛溝遷來的。