約公元1274年，（元朝至元10年）一些回族上層人士陸續被派往武昌充任地方官員，其隨員及家屬定居 武昌者甚多。 

    明代是回族遷入武漢的重要時期，元至正二十四年（1364年）明軍攻占武昌，一批回族將領被派來武昌 駐守，其家屬亦落籍武昌，在長虹橋一帶形成武昌早期的回民聚居點。隨后大批明朝有功穆斯林來到武昌定居。據回族馬、定、王三姓族譜記載：明初馬姓三世祖 馬俊隨征有功，于“宣德六年調任湖廣都司勛封懷遠侯而籍武昌”。定姓的祖先隨元太祖的回回軍進入內地，定氏“二世祖寶錄公，以武功佐明太祖，洪武十三 年分藩來楚，授武昌指揮，晉爵將軍”。王姓“洪武十四年任武昌王府中營保駕指揮兼理兵馬使司”，落藉武昌。由于回族聚居的宗教生活需要，于明洪武八年 （1375年）在武昌轅門口修建了武漢地區第一座清真寺，即武昌轅門口清真寺。明朝中葉，漢口鎮崛起。江浙一帶的回商溯長江而上，陜西一帶回商順漢水而下， 匯三鎮，大多數穆斯林居住漢口，匯漢口廣益橋、漢陽頓甲嶺一帶，形成新的穆斯林聚居點。 

    清代以后，三鎮成為商品集散地，江蘇、陜西、甘肅、河北、江西、河南、安徽等省的回族商販、手工業者 陸續來漢經商定居，并于1718-1735年間修建了萬壽宮清真寺和廣益橋清真寺。1851-1874年間修建了青龍巷清 真寺和城外清真寺。清同治五年（1866年）陜甘總督左宗棠率兵鎮壓回民起義，致使西北回穆斯林大量逃亡。有一部份南下來到武漢，定居武昌卓刀泉附近的馬家莊， 擴大了原馬家莊的回民聚居區。光緒三十二年（1906年）前后，河南連年干旱，加上黃河泛濫，周口地區大批回族群眾逃荒來到武漢，聚居在劉家廟，于1918年 修起了劉家廟清真寺。 

    近代回族流動不小，很多回族產業工人，工程技術人員、大學學生、科研人員隨著人材流動來到武漢定 居，形成新的穆斯林群體。