西寧東關清真大寺，相傳始建于明洪武年間，據寺內《重建西寧大寺碑記》記載：西寧清真寺，“創自明代，毀于兵整。”另《重建西寧東關大寺碑記》記載：“西寧清真大寺，創自明代，屢經兵資，其地送廢。”據1961年編的《西寧市志搞》載：“西寧東關清真大寺，相傳明洪武年間，由明將軍西平侯沐英，建議明王朝初次修建的。”大寺初建時，規模狹窄，結構簡陋，后歷經滄桑，曾幾度拆毀，幾度修復才具現在之規模。

       乾隆四十六年（1781年），蘇四十三、韓二個領導回族、撒拉族人民起來反清。清統治者在鎮壓蘇四十三起義時，將西寧東關清真大寺折毀。

       清咸豐末年至同治初年，陜西一帶的數10萬回族人民，在白彥虎等人的領導下，因不滿清廷統治，又揭竿而起，舉起反清大旗。清政府調遣湘軍左宗棠部和甘肅馬福樣部前去鎮壓、在重兵攻擊之下，起義軍節節引退，最后輾轉到西寧。此時，原起義軍出身的西寧府知府馬桂源和其兄西寧鎮總兵馬本源兩人對起義軍寄予同情，并和起義軍聯成一氣，并守西寧。同治十一年（1872年），左宗棠部攻破西寧。次年（1873年）春，湘軍部將、西寧鎮總兵何作需將重新修建的西寧東關清真大寺再次拆毀。

       清光緒二十一年（1895年），甘青河煌地區的回族、撒拉族人民在韓文秀的領導下，武裝反清，清政府命甘肅馬福樣前去鎮壓。同年十二月至次年二月，“河惶起義”被清政府鎮壓，重建的西寧東關清真大寺又被清政府拆除。此次將大寺夷為平地，只剩下幾座柱石。同時，清政府還派人監督，不準在原地進行宗教活動。

       直至辛亥革命以后，民國2年（1913年），為重建西寧東關清真大寺，青海各界各族人士紛紛捐資，動工修建，于民國3年（1914年）完工。

       1916年，因大勝方位不正，又將大殿全部拆除，從外地請來工匠，重新測定方位進行擴建。1946年至1947  年修南北樓兩座，喚醒樓兩座，水塘一座，飯廳宿舍等80余間，鋪面3間半，西式大門、重門各一座，自民國35年開工，迄36年4月，始告落成。至此，寺之規模宏大。
                                       

       解放后，黨和政府十分關心和尊重少數民族的宗教信仰。1949年9月5日，西寧獲得解放。9月9日．西寧地區的回族群眾在西寧東關清真大寺院內召開隆重的慶祝大會，王震、廖漢生、王恩茂等同志參加了大會。以后，黨和國家領導人朱德、陳毅、彭德懷等同志曾先后到大寺參觀訪問，陳毅同志還特為大寺捐贈人民幣1000元。在“文革”期間，西寧東關清真大寺曾一度關閉，后又稱為“西寧市城東區勞動人民文化宮”。黨的十一屆三中全會以后，撥亂反正，大寺于1979年6月19日重新開放。1981年省政府撥款8萬元重新油漆粉刷，使大寺面貌煥然一新。

       西寧東關清真大寺占地總面積為20多畝，建筑總面積4654平方米，建筑物雄偉壯觀，具有中國古老的建筑藝術和伊斯蘭教特色、大寺的正門，即“前三門”，是一大兩小的綠色西式大門，高10米，寬15米，門頂橫幅匾額鑲有金光閃閃的“西寧東關清真大寺”8個大字。進了“前三門，約30多米處，在數1O階花崗石的臺墩上聳立著5個平頂拱形門，稱為“中五門”，高近1O米，寬為21米。“中五門”南北兩側矗立著兩座宣禮塔．穿過“中五門”，南北是兩座老式木樓，北樓為接待室，藏經室、會議室等，南樓為阿訇進修班教室、學員宿舍、教研室等。兩樓中間是面積為4490平方米的大院。大院西面，是座落在兩米高石基之上的禮拜大殿。大殿面積為1136平方米，其外形仿照明代“金鑾殿”的形式，磚木結構，外壁全用大青磚砌成，堅實牢固，飽經風霜，完好無損。前廊兩側各種圖案精雕細刻，大殿屋頂覆以彩色的琉璃瓦和小青瓦，殿脊中心豎有3個金黃色筒形寶瓶，燦爛奪目。

       此外，大殿右側為阿訇、滿拉的宿舍，南樓背面為男女沐浴室和殯葬室。