前院緊臨照壁的木牌樓， 建于十七世紀，,高約九米，琉璃瓦頂，挑角飛檐，雕梁畫棟，與高大的照壁墻相映襯，極為壯觀。南北兩邊的接待室，變為仿古建筑，剔透玲瓏，古香古色，進懸掛“清真寺”匾額的五間樓，便是第二院。院內樹木成蔭，花圃對稱排列，石刻牌坊矗立其間,碑陰鐫刻有我國著稱書法家米芾、董其昌的題字。進入敕賜殿便是第三院。

    院中央是三層八角形省心樓,結構精巧，省心樓下欄桿內的二龍戲珠石刻，相傳是唐代遺物。院落內南北兩廂陪襯的是經堂、官殿等建筑物，經堂官殿內珍藏有阿拉伯文和漢文翻譯的《古蘭經》及其它一些珍貴字畫和瓷花瓶等陳設品。進第四院，院中心的一真亭，又名鳳凰亭，宛如鳳凰展雙翼，欲將翩翩起舞，別具風格。南北各有面寬七間的廳房，原為接待封建朝廷宣諭皇帝“圣旨”的文武官員所修建。南廳后有石碑廊，陳列著創建和重修清真寺的碑刻。一真亭后有海棠形魚池噴泉，噴泉水珠四濺，映日彩虹隱約其間，另是一番景象。

    一真亭南北各有碑亭一座。進石門,走上廣闊的大月臺,大殿就在正端。大殿面闊七間，進深九間，面積約一千三百平方米，可容納千余人同時作禮拜。殿內天棚藻井，有畫六百作幅，彩畫圖案不一，每幅中心有阿拉伯文“嘟哇”，墻壁刻蔓草花紋，套刻古蘭經，構圖著色，均表現中國伊斯蘭教寺院建筑和宗教彩畫的特色。