肇慶城東清真寺在端州區水師營路。根據寺內所存的“乾隆重修清真寺碑記”記載，該寺“創自唐宋”，但另有一說始建于明代，清康熙、乾隆、道光年間曾多次修葺、擴建。寺內寬闊，今僅存禮拜殿，殿內不設偶像，空無一物，體現出伊斯蘭教的特色。據寺碑記載，清真寺數次重修，乃伊斯蘭教入粵在肇慶留下的寶貴歷史文化遺產，1984年被列為肇慶市文物保護單位。

城東清真寺與肇慶當地的教育息息相關。1946年，楊茂林阿訇在寺內開設經堂，次年在眾長老倡議、資助下，在原學經班基礎上創辦肇慶私立清真小學。1949年以后，清真小學轉為公立。

20世紀80年代后期，端州區人民政府落實民族宗教政策，將大殿以南1684平方米用地歸還清真寺，并撥款將大殿改為鋼筋混凝結構。

不過，城東清真寺真正投入使用是在2006年，肇慶市伊斯蘭教協會耗資人民幣60萬余元，重建了阿訇住房、經堂、會議室、沐浴室、衛生間等，清真古寺投入使用。

名字雖然相近，但肇慶城西清真寺的建造要晚。史料記載，城西清真寺始建于清乾隆三十二年(1767年)，由劉士芳率穆斯林15人于肇慶西門購地創寺，初僅有禮拜殿。眾穆斯林擁戴劉公為首任伊碼目，道光十一年(1831年)有較大規模擴建。

1980年楊開枝阿訇任教長兼肇慶伊協會長，開始共商重建西寺。楊阿訇與香港穆斯林有一定聯系，曾得香港各界穆斯林教胞大力捐資，遂于1983年3月動土建寺，1984年9月落成。新寺由回族工程師保俊文按阿拉伯式與我國傳統建筑風格相結合設計，易磚木結構為鋼筋混凝土結構。其中，禮拜大殿為阿拉伯式，建筑面積360平方米，裝飾素樸典雅，莊嚴肅穆，四周回廊所用柱子均為石柱，殿門頂有“主思常念”匾，兩邊描聯為:“何須色相昭彰，去拜中嚴然如在；莫道典型迂遠，冊卷內自有真傳。”